清时属武平乡，民国时为云源乡和四靖乡，而后2乡合并称云靖乡，解放后统称舟山乡。
1950年分舟山、前村2个乡，1956年方丘、新楼两乡合并为新楼乡。
前村、舟山合并复称舟山乡，1958年舟山乡称舟山管理区，曾称跃进人民公社，后称新楼管理区。
1961年舟山管理区改为舟山公社，1983年复称舟山乡，1992年3月撤乡建镇称舟山镇；2001年舟山镇并入石柱镇，称舟山管理处。
是年7月，古山、胡库、新楼、方岩四个乡合并，建立古山镇，新楼设管理处。
2006年6月，新楼管理处从古山镇分出与舟山管理处从石柱镇分出后合并，设立舟山镇，名称沿用至今。