明宣德五年（1430）属石湾（桐乡县）、石门镇（崇德县）。
清时改为玉溪镇。
清宣统三年，复称石门镇。
1950年3月21日，崇德县石门镇与桐乡县石湾镇合并，称石门镇，隶崇德县。
1958年10月成立石门人民公社，石门镇划入人民公社。
1958年11月21日，桐乡、崇德两县合并，称桐乡县，石门镇隶桐乡县。
1987年2月9日经浙江省民政厅批复，石门乡并入石门镇。
1998年11月经浙江省民政厅批复，安兴乡并入石门镇。
2001年10月10日经浙江省民政厅批复，羔羊乡并入石门镇。