原卓尾垟村解放初为卓尾洋村，原南下村解放初为南山头、横路下2村；不久南山头、横路下合并，分别取原名首尾字命名为“南下村”；原银珠坑村解放初即为此名；均属白云乡，1952年至1958年属岩上乡。
1958年分别建立卓尾洋、南下、银珠坑生产队，属百丈公社岩上生产大队；1959年2月起属百丈公社岩上管理区；1961年9月起为卓尾洋、南下、银珠坑生产大队，属岩上公社。
1984年5月分别改为卓尾垟、南下、银珠坑行政村，属岩上乡；1992年岩上乡并入包垟乡。
1992年重新认定革命老区，原卓尾垟、南下、银珠坑3村均被认定为革命老区村。
2004年，卓尾垟、南下、银珠坑3村合并组建卓南坑村，属包垟乡。
2011年4月，包垟乡撤销，并入百丈镇。
2016年行政区划调整后并入包垟乡。
一直沿用至今。