1949年建政为云江乡黄垟村。
1955年初级社时，为黄垟农业社。
1956年高级社时，黄垟、高旺、卓岙、徐库桥合并于卓岙高级社。
1961年公社化时为高旺、卓岙、黄垟三个大队。
1984年改置黄垟村委会。
1992年6月云江、周苌二乡合并，改称云周乡，黄垟村委会随属云周乡。
2000年8月，云周乡并到飞云镇，改称云周办事处，黄垟村委会随属云周办事处；2011年属飞云街道办事处管辖。
2015年从飞云街道析置云周街道。
2019年撤销云周街道黄垟村民委员会，设立黄垟社区居民委员会。