清时属崇政乡。
1929年属北港镇五十都。
1941年属水头区。
1949年属南雁区晓坑乡。
1950年从晓坑乡分出成立怀溪乡，属山门区。
1952年划金山等8个村设怀溪乡，划南山等9个村建曹门乡；晓坑乡又分出洪山乡。
1956年曹门乡并入怀溪乡，洪山乡并入晓坑乡。
1958年分别为山门公社怀溪、晓坑、晓阳大队（管理区）。
1961年建立怀溪、晓坑、晓阳公社，隶山门区。
1983年晓坑公社改为乡；1984年怀溪、晓阳公社改为乡，隶属不变。
1992年晓阳乡并入晓坑乡。
2011年晓坑、怀溪2个乡并入山门镇。
2016年晓坑、怀溪社区从山门镇划出，成立怀溪镇。