解放前夕，居民全部被国民党劫往台湾。
1955年解放后从大陆各地移民前来定居，开发生产。
1958年由上百亩坪、马祖岙、三脚龙合并，属南麂大队（管理区）。
1961年为南麂公社上马龙大队。
1968年改称前进大队。
1981年改名马祖岙大队，属南麂公社。
1983年称马祖岙村委会，属南麂乡。
1997年属南麂镇。
2011年随南麂镇并入鳌江镇。
2016年复属南麂镇。
2019年撤销马祖岙村、门屿尾村合并建立马祖岙村。