“明万历十年设有南麂副总兵，清顺治十八年迁徙，其地始墟。”1925年前后邑人王理孚组织渔佃公司，募民垦种。
1940年称南麂乡，隶鳌江区。
1949年5月平阳解放，国民党县政府迁往南麂。
1954年5月9日，蒋介石视察大陈岛返回途中登临南麂岛。
1955年2月，国民党军队撤退时，将岛上1996名岛民全部带往台湾屏东县高树乡。
后温州专员公署动员本县及瑞安、文成等县移民，并成立南麂乡人民政府，隶洞头县管辖。
1957年划归本县，属鳌江区管辖。
1958年改为南麂大队（管理区），属鳌江公社。
1961年成立南麂公社，隶县政府南麂办事处管辖。
1983年改称南麂乡，隶属不变。
1990年为南麂岛办事处。
1997年南麂乡改为建制镇。
2011年并入鳌江镇。
2016年恢复南麂镇建制。