清时为玉环厅南乡二十都。
民国前中期属玉环县。
民国后期析出建立灵昆乡，属永嘉县。
建国后属温州市管辖仍为灵昆乡。
1950年5月改属永嘉县分设灵南、灵北二乡。
1952年合并复称灵昆乡。
1958年10月划归温州市称灵昆管理区。
1961年10月称灵昆人民公社。
1981年12月划归瓯海县。
1984年5月复称灵昆乡。
1987年9月称灵昆镇。
2001年8月温州市行政区划调整归龙湾区管辖。
2011年4月撤镇设立灵昆街道办事处.。
2015年撤销洞头县，设立温州市洞头区，将街道划归洞头区。
2020年12月调整灵昆街道范围，增设昆鹏街道。