以驻地指南山得名。
南宋咸淳间（1265～1274）属临安县永宁乡，明代属永安乡，清乾隆二十四年（1759）属永安一图。
民国初属金永乡，民国17年（1928）属金永区，民国24年（1935）属永安乡，民国30年（1941）属永安乡至解放。
1950年为指南乡指南村，1956年为临目乡指南村，1958年为天目山公社指南生产队，1960年为临目公社指南生产大队，1984年为临目乡指南村，2001年属太湖源镇。
2007年村规模调整，指南村规模不变，辖2个自然村。
村境有阔叶林古树群，“指南秋色”为市境最具代表性的乡村秋景。
获评2011年临安市“绿色家园、富丽山村”建设精品村。