南宋咸淳间（1265～1274）属於潜县惟新乡。
清嘉庆十七年（1812）方圆、更楼、秧田庄属波亭前乡。
民国初属太阳乡，民国21年（1932）方元铺村属方元乡，民国31年（1942）属西菩乡，民国36年（1947）属波西乡至解放。
1950年为方元乡方元铺村，1958年为昌化县太阳公社方元管理区方元、更楼生产队，1960年9月属临安县，1961年为方元公社方元、更楼生产大队，1984年为方元乡方元、更楼村，1992年属於潜镇。
2007年村规模调整，两村合并为方元村。
辖7个自然村。