水亭畲族乡历史悠久。
宋绍熙年间于婺州任职的水钦回闽，因闻闽地战乱，遂择此定居，为纪念故乡亭溪，取名水亭。
清时属太平乡，民国时期属兰溪第五区。
1949年5月兰溪解放，设水亭、河伯、圣山、柳塘4个乡。
1956年分水亭、圣山两个乡。
1958年为游埠公社水亭、圣山、河伯、柳塘管理区。
1961年调整公社规模，分设水亭、圣山两个公社。
1983年政社分设，称水亭乡和圣山畲族乡。
1992年圣山畲族乡和水亭乡合并，称水亭畲族乡，是兰溪市唯一的少数民族乡，为浙江省18个少数民族乡镇之一。