马涧镇古时属灵泉乡三河里和武昌乡仁寿里。
民国时期属嵩麓区，辖望玉、渔溪、桂峰、三益、大塘、双源6个乡。
1938，10月，碧玉、渔溪两乡合并，建石渠乡；桂峰、三益两乡合并，建马涧乡；大塘、双源两乡合并建大源乡。
1941建马涧区署。
1946，2月，大源乡并入马涧乡。
建国后成立马涧区人民政府，辖马涧、下杜、后潘、大塘、溪源、盘源、横木7个乡，石渠乡归属香溪区。
1956年下杜乡并入马涧乡，溪源乡并入大塘乡。
1958年成立马涧人民公社，辖横木、石渠、马涧、大塘、姚塘下、蒋坞、溪源、源口8个管理区。
1959年蒋坞并入马涧，溪源并入大塘、源口并入石渠。
1961年调整人民公社规模，分设横木、石渠、马涧、大塘、姚塘下5个人民公社。
1983年6月政社分设，改称横木、石渠、马涧、大塘、姚塘下乡。
1992年行政区域调整，姚塘下、大塘两乡并入马涧，建制马涧镇。
2004年行政区域调整，横木、石渠两乡并入马涧镇。