航头镇现域,按《严州图经》记载,其时为寿昌县寿昌乡、仁丰乡属地;宋末推行都图制后,属寿昌县四都、五都、十都、十一都属地;清雍正六年(1728)为寿昌县破墈、大山、航头、曲斗、吴潭、南山翁、南山洪、商家、赤源、胡村等10庄属地。
1912年,系曲斗区、航川区、石屏区属地。
1932年,设有航川、大店口、石屏等行政区划专名。
1935年,完成乡镇整顿后,为仁寿、梅宁、川南、川北、里石、新华等乡属地。
解放前后,为航川、石屏、曲斗乡属地。
1950年划建小乡后,为航头、航头溪(1951年改溪沿)、全成(1951年改乌龙)、曲斗桥(1951年改曲斗)、大店口、珏塘、东村、石屏、南山乡属地。
1956年并乡后,设航头、溪沿、石屏、大店口4个乡。
1958年底,属航头公社,1960年2月属寿昌公社。
1961年7月设置航头、溪沿(1965年4月并入航头)、石屏、大店口4个公社。
1983年先后改社设乡。
1992年4月,大店口乡与航头乡合并新设航头镇;2005年,石屏乡并入航头镇。
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