相传上古舜帝曾避丹朱难于石堰虞山。
唐、宋、元、明、清属龙泉乡。
806-866年(唐元和至咸通年间)余姚置盐场于石堰，976-984年(北宋太平兴国年间)，改称石堰买纳场，设场署于石堰，故村中有大街里三和里等古代村巷遗址。
1916年(民国五年)余姚县盐场公署由石堰迁至庵东，石堰盐场终止。
民国29年（1940）至解放初属余姚县龙北、高风2乡。
1950年4月为石堰乡一村、二村、三村和高风乡六村。
中华人民共和国成立之后，石堰曾是石堰乡政府驻地，1956年2月并属横河乡。
1959年2月属石堰管理区。
1961年11月为石堰公社石堰、永福、王梁、堰南、翁郎桥大队。
1966年12月永福、堰南（与翁家桥大队合并）大队分别改名为红旗、先锋大队。
1979年9月划归慈溪县。
1981年7月红旗、先锋大队分别复名为永福、堰南大队。
1983年9月为石堰乡石堰、永福、王梁、堰南村。
1992年5月并属横河镇。
2001年2月村规模调整，4村合并为石堰村。