清属36都。
民国年间为灵溪区莒溪乡。
1949年建政时，沿用旧名。
1952年土改时，将辖区划分为莒溪、西厅、上村、大石、田立五个乡，隶属睦源区。
1956年撤区并乡时上述五乡合并恢复莒溪乡，划归桥墩区管辖。
1957年又分为西厅、莒溪两乡。
1958年公社化时两乡合并，称莒溪管理区，隶属桥墩公社。
1984年建立乡政府，同年改为建制镇。
1992年撤区扩镇并乡，天井乡并入莒溪镇。
2011年4月苍南县乡镇区划调整并入桥墩镇。
2016年1月苍南县乡镇区划调整时新设莒溪镇。