解放初期为信智乡湖井村。
1956年合作化时，属信智乡共丰高级社。
1958年公社化时，定名湖井大队，属信智管理区。
1961年隶属信智公社。
1984年改称信智乡湖井村民委员会。
1992年5月撤乡为赤溪镇湖井村民委员会。
2001年行政村撤扩并将青山村并入，称湖井村民委员会2011年行政区划调整仍属赤溪镇。
1986年11月经县政府批准为第二次国内革命战争时期老区村。
2019年苍南县村规模调整，湖井村、后垵村、乌岩村合并成湖井村。