云溪社区居委会始建于1944年，是昆明县设乡镇、实行保甲制，云溪村当时叫“云溪里”；1951年属云溪乡，1955年为云卫乡，1958年属先锋公社云溪管理区，1961年调整社队规模，先锋公社区调整为先锋、云溪、六甲三个公社，撤销管理区建制，设云溪人民公社云溪大队。
1984年云溪人民公社改为云溪办事处，时家湾大队与云溪大队合并为云溪乡；1988年云溪乡改名为云溪办事处；2000年11月云溪办事处改名为云溪村民委员会；2006年由云溪村民委员会变更为云溪社区居委会沿用至今。