万溪冲社区1950年1月12日呈贡县人民政府成立（属玉溪专区），原吴杰乡改称果园区万溪冲。
1951年果园区改称属郎缪乡万溪冲。
1958年呈贡县并入晋宁县，为晋宁县幸福人民公社郎缪管理区万溪冲。
1961年4月恢复呈贡县，并改原属玉溪专区为昆明市管辖，为昆明市呈贡区吴家营公社万溪冲生产大队。
1965年9月呈贡由区改为县为昆明市呈贡县吴家营公社万溪冲生产大队，1984年撤销人民公社建置，万溪冲由大队改乡为昆明市呈贡县吴家营区万溪冲乡，1988年万溪冲由乡改办事处，为昆明市呈贡县吴家营乡万溪冲办事处。
1999年完成第三届村委会换届选举工作后于2000年6月设立万溪冲村委会，2004年，“呈贡县村级换届选举和社区建设工作领导小组”依据《村（居）民委员会组织法》规定，成立了万溪冲社区居民委员会。
2007年12月呈贡县吴家营乡改为呈贡吴家营街道办事处，万溪冲仍称居民委员会。