明、清为砖灰、三山保治。
民国初属第二（大石）团区。
1933年7月川陕省苏维埃在元坝子建置嘉陵县。
治元坝镇西老场上，辖元坝子、大石板、鱼洞河、王家坝、梅树铺、永宁铺6个区苏维埃。
1934年将广元县苏维埃的第六（李家坝）、第十（蒋家桥）2个区苏维埃划入。
至此共辖8个区苏维埃、58个乡苏维埃。
元坝子区苏维埃辖元坝子、杏树垭、杨家屯、杨家湾、张坝、吕家湾6个乡苏维埃，24个村苏维埃。
1935年红四方面军西渡嘉陵江后，县、区、乡苏维埃废。
同年置三山联保处。
1940年改为元坝乡。
1950年建柳桥、杏树两乡，属王家区。
1951年在大坝场建大坝区，属大坝区。
1955年撤大坝区，2个乡划入大石区。
同年将原杏树乡并入元坝乡。
1958年政社合一，将柳桥乡并入，建元坝人民公社。
1961年将柳桥乡划出，建柳桥人民公社。
1968年成立元坝公社革命委员会，驻址从元坝场迁到砖灰村。
1981年撤销公社革命委员会，恢复公社管理委员会。
属大石区公所。
1984年政社分设为元坝乡人民政府。
1985年改元坝乡为元坝镇。
1986年属广元市市中区大石区公所。
1989年2月18日，将元坝镇由广元市市中区划归广元市市中区卫子区公所，同年9月属广元市元坝区。
1992年将柳桥、紫云乡及卫子镇的金华村划属元坝镇。
1995年10月，将柳桥、紫云划出，分别建工委。
1997年复置柳桥乡、紫云乡。
2009年元月13日利州区荣山镇泉坝村划入昭化区元坝镇，2013年广元市元坝区更名为广元市昭化区。
2019年，将原柳桥乡、紫云乡和拣银岩街道所属行政区域划归元坝镇管辖。