民国初期，属平羌乡土主场、杨家河场。
民国二十四年（1935年），属土主镇，驻土主场。
民国二十九年（1940年），改土主乡。
1951年，属土主、红场2乡。
1955年，2乡合并为土主乡。
1958年，土主、健丰、全福3乡合并为土主公社。
1961年，析土主乡区域置土主公社。
1984年4月，公社改乡。
1988年7月，乡改镇。
1992年9月，全福乡并入。
1998年6月，全福乡析出。
2019年12月13日，撤销石龙乡，将原石龙乡红月村和平和村所属行政区域划归土主镇管辖。