解放初属渔箭乡加强村。
1958年属渔箭公社四管区。
1961年为渔箭公社四大队。
1981年地名普查时改为渔箭公社石庙子大队。
1984年改为石庙子村。
1992年撤区并乡扩建镇时划归石碾镇管辖。
1997年成立渔箭管理区委员会，隶属渔箭管理区委员会。
1999年元月后隶属渔箭镇。
2019年12月乡镇行政区划调整改革时渔箭镇并入石碾镇，隶属石碾镇，2020年5月村级建制调整改革时黑水凼村和石庙子村合并为石庙子村，隶属石碾镇。