清宣统二年（1910年），设吉安乡。
民国三年（1914年），改为地方试行自治，属南区，吉安镇下辖吉安、李渡2场。
民国二十九年（1940年），设吉安乡，属飞龙区。
1950年，改为南充县第五区，吉安镇下辖仁和、吉安等5乡。
1951年1月，设吉安乡。
1958年10月，吉安乡改为吉安公社。
1984年，由吉安公社改为吉安乡。
1992年，双店、临江2乡并入吉安乡，由吉安乡改为吉安镇。
1994年，吉安镇析出双店乡。
1997年，吉安镇析出临江乡。
2019年10月29日，撤销华兴镇和双店乡，划归吉安镇管辖。