会东上古秦时为邛都国地。
汉武帝元鼎六年（前111）会东地区属会无县。
唐昭宗天复二年（902）直至五代十国的后蜀时（907-965），会东地区先后为“大长和国”、“大天兴国”、“大义宁国”和“大理国”等地方政权所割据。
明洪武年(1382)改属四川布政司。
清雍正六年（1728），在西昌设宁远府，改东川府属云南省，今会东大部分地区属宁远府，东部金沙江沿岸的松坪、淌塘区域属东川府。
嘉庆十六年（1811）设巧家厅治，今会东县东部地区属云南为巧家厅之善长里。
民国元年，会东县原属会理县的东部地区改为洼乌分州，隶属四川会理州。
民国二年（1913），洼乌分州改名洼乌分县。
民国二十四年（1935），洼乌分县改为会理县第四区，不久又改名为鲹鱼区。
1950年3月23日会东解放。
1952年7月1日，析会理县东部地区和云南省巧家县二区金沙江以西部分地区建立会东县，县政府驻参鱼坝（今鱼城街道），隶属西康省西昌专员公署。
1955年10月隶属四川省西昌专员公暑。
1978年10月隶属凉山彝族自治州。
2004年，会东县辖2个镇、51个乡，2019年12月，会东县辖2个街道、13个镇、4个乡。