1951年，属巴中县万安乡管辖。
1958年，设立万安管理区，又称第二管区。
1962年，更名为万林生产大队，简称万林大队，又称二大队。
1969年，更名为万林大队革命委员会。
1981年，复名万林生产大队。
1984年，全国实行政社分设，撤销万林生产大队，设立万林村村民委员会，简称万林村村委会。
1993年以前归达县地区巴中县管辖，1993年7月5日，国务院批准将达县地区更名为达川地区，设立巴中地区，撤销巴中县，归巴中市管辖。
2000年6月14日，国务院批准，撤销巴中地区和县级巴中市，设立地级巴中市，归巴州区管辖，2013年1月18日，经国务院批准，同意将巴州区一分为二，设立恩阳区，归恩阳区管辖。
2020年，村级建制调整，将檬垭村、万林村合并，设万林村。