明初设坊、里制,属万泉县皇甫乡,为南吴里;1917年,属万泉县南乡,为南吴村;1943年,属万泉县第二区,为皇甫治村所辖居村;1947年4月解放后,属万泉县第一区,为南吴行政村;1953年4月,属万泉县吴村乡,为南吴行政村;1954年8月15日,万泉、荣河合并为万荣县,属万荣县吴村乡,为南吴行政村;1956年4月,属万荣县乌苏乡,为南吴行政村;1958年9月,实现人民公社化,属于万荣县东风公社,为南吴行政村;1958年11月,万荣与河津、稷山县合并为稷山县,属稷山县汉薛公社;1959年7月,与稷山县分治,复立万荣县,属万荣县汉薛公社;1961年2月,从汉薛公社分出,成立皇甫公社,属万荣县皇甫公社,为管理区;1961年3月,属万荣县皇甫公社,改称南吴村生产大队;1984年10月,改公社为乡、镇,成立南吴村民委员会,属万荣县皇甫乡。