清嘉庆七年（1802年），设定远厅西乡归仁里三元黎坝地。
民国三年（1914年），设镇巴县西区三元黎坝村。
民国二十二年（1933年）3月，红四方面军建立了闻家坪乡苏维埃政府。
民国二十五年（1936年），设三黎联保4、5保。
民国二十九年（1940年），设三元乡4、5、6保。
1950年，设三元区三元坝乡。
1958年，设三元坝管理区。
1961年，成立三元公社。
1966年12月，更名永红公社。
1971年2月，仍复名三元公社。
1984年5月，改设三元乡。
1985年11月，改设三元镇。
1996年5月，将伍家乡并入三元镇。
2001年12月，将红鱼乡、凉桥乡并入三元镇。