明代建镇,是旬邑县五大古镇之一。
1950年,境内设立底庙、刘家店、产场、东牛家坡等四乡。
1956年3月,合并为底庙乡。
1958年9月,底庙乡和甘家店乡部分村合并成立幸福人民公社。
12月,旬邑县并入邠县后设立底庙管理区,隶属彬县北极人民公社。
1961年8月,旬邑县制恢复后设立底庙人民公社。
1967年,更名为东方红人民公社。
1979年,恢复底庙人民公社称谓。
1984年6月,政社分设时设立底庙乡.1998年2月,改为底庙镇。
旬邑石雕自古闻名,旬邑县底庙镇万家川人万政银,从小酷爱美术、泥塑、雕刻。他先尝试着做泥人,后又用当地的沙石做佛像。他跑遍了全国大部分佛教寺院,拍摄了众多形象逼真、造型生动、千姿百态的各种佛像、菩萨造像