1912年至1920年为太白乡县屯里南沟门，1920年至1929年为阿落乡白鹿里南沟门，1930年至1934年为高哨乡南沟门。
1935年11月至1937年10月属甘洛县三区，1937年10月属甘泉县三区，1948年为三区二乡，1958年改为延安县甘泉公社南沟门村生产大队。
1961年改为甘泉县甘泉公社南沟门村生产大队，1971年为高哨公社南沟门村生产大队。
1983年为高哨乡南沟门村行政村，1989年为高哨乡南沟门村村民委员会，2011年为城关镇南沟门村村民委员会，2014年12月将原高哨乡行政区域并入石门乡，石门乡改设石门镇，撤销雷村村委会并于南沟门村委会，为石门镇南沟门村村民委员会，沿用至今。