1949年属博平县第五区。
1956年博平县并入茌平县，设为菜屯区。
1957年为菜屯乡。
1958年成立菜屯人民公社。
1962年又恢复为菜屯区。
1971年撤区并社，将菜屯区的西纸坊头、后陈庄、郭堤口、崔老庄、大朱5个自然村划归贾寨人民公社，李井范、乜堂、朱楼、蒋庄、许寨、王麻子、田庄、许庄8个自然村划为肖庄人民公社，更名菜屯人民公社。
1984年7月，设为菜屯镇。
2019年茌平撤县设区，属聊城市茌平区管辖至今。