西周为鲁国地，春秋属鲁国阚邑。
明至民国，分别属汶上、郓城县所辖。
梁宝寺镇辖区，解放前分别属汶上、郓城两县所辖。
解放后，隶属冀鲁豫边区行署湖西专区南旺县，1949年划归平原省，今镇政府驻地即为南旺县政府所在地。
1953年平原省与南旺县同时撤销，该地划为山东省嘉祥县第十二区，下设朱楼、寺后、后集、曹梁、石庙、桑科集、黄河李七个乡。
1958年撤区并乡，将本区划为三个乡：梁宝寺乡、寺后乡、桑科集乡。
1958年公社化中合并建设成立红星人民公社，1958年12月撤销嘉祥县建制，该社同老僧堂人民公社、黄垓人民公社合并归郓城县称梁宝寺人民公社。
1962年恢复嘉祥县建制，老僧堂、黄垓两社分出，仍称梁宝寺人民公社，1984年更名为梁宝寺镇，并沿用至今。