该镇民国时期为惠民县第三区。
1955年9月全县辖区地名统改称谓，更名石庙区。
1956年12月石庙区分化为石庙、庞家、青阳店、于王四个乡。
1958年2月区划调整，石庙、庞家、青阳店、于王四个乡又合并为石庙乡。
1958年11月建立人民公社时，更名为石庙公社。
1961年石庙公社更名石庙区，下辖于家寨、青阳店、孟家等7个公社。
1969年9月全县撤区改社，复名石庙公社。
1971年析其东部地区置梁家公社。
1984年全县撤销人民公社建乡镇，石庙公社更名石庙乡，梁家公社更名梁家乡。
1985年石庙乡更名石庙镇。
2001年3月撤销梁家乡，其行政区域划入石庙镇。