民国十三年（1924年），集宁设制后，马莲渠乡辖区属第一区的德恒乡。
1951年08月，属平地泉镇。
1953年，南河渠行政村改为胜利乡，李化沟行政村改为西郊乡，中心旗的3个自然村划归西郊乡（后改为纳森格勒乡），集宁县的7个自然村划归胜利乡。
1958年，胜利乡并入纳森格勒乡。
1959年，属平地泉公社。
1961年12月，平地泉公社分出马莲渠公社。
1967年，改为红卫公社。
1984年02月，改为马莲渠乡。
2006年05月，黄家村乡六号渠、三成局、大十号、师家村、三股泉、大三号、四股泉、郭亮村和合义永9个村民委员会划归马莲渠乡。