1956年撤区并乡后，属饶平县粮田乡。
1958年设马径大队，属三饶公社。
1962年从马径大队拆出，称芽坑大队。
1979年改称芽坑大队。
1983年撤销公社建制，称芽坑乡，属三饶区。
1986年称芽坑村委会，属三饶镇。
1990年称芽坑管理区，属三饶镇。
1999年称芽坑村委会，属三饶镇，沿用至今。