解放前，瓦窝镇隶属复县管辖，县城驻地复州城。
王家村公所，驻地王家站。
民国三十五年（1946年）2月，新金县成立。
民国三十六年（1947年）5月，瓦窝地区划归新金县四平区管辖，设11个行政村。
1956年4月，村建制取消，成立瓦窝乡，归新金县莲山区管辖。
1958年10月，撤乡建制，属四平公社。
1961年9月，从四平公社划出成立瓦窝公社。
1983年9月，瓦窝人民公社管理委员会改称瓦窝乡人民政府。
1984年4月，瓦窝乡改瓦窝镇。
2013年1月8日，根据《辽宁省人民政府关于调整大连市部分行政区划的批复》(辽政发〔2012〕169号)要求，将原隶属于普兰店市的瓦窝镇划归至瓦房店市管辖。