民国三十五年（1946年）6月以前，黑沟隶属于岫岩县管辖。
民国三十六年（1947年）7月，孤山成立县政府，黑沟划归孤山县管辖。
在东土城设立区政府。
民国三十八年（1949年）7月，孤山县撤销，黑沟又划归岫岩满族自治县。
1955年12月，黑沟成立土城、黑沟、羊山3个小乡。
1958年9月，黑沟从岫岩满族自治县划归安东县小甸子公社管辖。
1961年7月23日，黑沟从小甸子公社析出，成立黑沟公社。
1966年9月，更名为向阳公社。
1981年，改为黑沟公社。
1983年9月，改为黑沟乡。
1985年8月11日，改为黑沟满族乡。
1998年，撤销黑沟满族乡，建立黑沟镇。