清乾隆三十七年(1772年),凤凰巡检司移驻大孤山,归属岫岩州。
清咸丰年间(1851年—1861年),建镇。
清光绪三十二年(1906年),隶属庄河厅。
民国四年(1915年),改设县佐。
东北沦陷后,日伪当局设庄河县大孤山第六区公署大孤山街公所。
民国三十五年(1946年)7月,庄河、岫岩、凤城、安东4县辖区内各划出部分区域成立孤山县。
大孤山街为孤山县政府驻地。
1949年,撤销孤山县,建立孤山镇,划归安东县所辖。
1958年9月12日,孤山镇、孤山乡、菩萨庙乡、新农乡合并,成立孤山公社,属安东县。
1965年3月1日,归东沟县所辖。
1966年1月,恢复孤山镇建制。
1973年11月,恢复孤山公社城镇办事处建制。
1980年9月,建立孤山镇。
1985年3月,孤山镇升格为副县级建制镇。
1988年8月,孤山镇与孤山乡合并,建立孤山镇。
1993年,撤东沟县建东港市,孤山镇隶属东港市。
2002年1月10日,孤山镇与新立镇合并,设立为孤山镇。
丹东市银杏树栽培历史悠久,树龄在80年以上的近千株,树龄在30年以上的4000株。东港市孤山镇圣水宫前的“银杏王”更是全