1949年前为南港乡。
1949年为磻村区梅沙、上梅、上简、干田、马湖、北港乡。
1956年为翰堂区的北港、干田乡。
1956年由42个初级社转为21个高级社。
1957年撤区并乡为南港乡。
1958年冬转为南港人民公社。
次年与翰堂公社合并为磻村公社（驻磻村）。
1962年恢复南港公社。
1984年改为南港乡。
1998年改为南港镇。
2003年税费配套改革，撤销石头坑村、里田村、萤火村、茶蔸村、东胡村、瑶下村、白水坑村，成建制划入相邻村，庙前、大窝里村划归南港镇。
2004年春，大庙乡，蒙山林场划归合并南港镇。
2005年，蒙山林场的长坑、鸟坑2个分场改设村委会（后因重名，改为场坑、鸟坑）。
曹汝兰，字斯馨。南里团马湖（今南港乡马湖）人。万历丁末（1607年）进士。授四川江津知县，以廉能著称。升任南台御史。历仕万历、泰昌、天启三朝。条仪时弊，举贤揭恶，都能坚持大体，深受重用。著有《日知传
黄朝宣，字璠舆。南港镇上梅村人。父为明朝云南黔国公沐赘婿。黄朝宣受舅家风影响，好习武事，沐府推荐他统帅滇兵，因镇压农民起义得功，被京师总督袁继咸拔为副将。崇祯十七年（1628），湖广巡抚何腾蛟于长沙招
邹民则，号紫山。上高北里枥头（今南港乡）人。以荐辟为龙兴路学录。至元二十七年（1291年），提举姜云于蒙山建正德书院，礼请邹民则讲学。正德书院的创建，开我国历史上厂矿办教育的先例，而经划之力民则居多。