中华人民共和国成立初，属莲花县第一临时区。
1950年属一区为城乡镇，1951年易名为城厢镇，1956年撤第一临时区设莲花镇；1958年撤莲花镇建琴水人民公社；1961年改设琴水镇；1968年撤镇和花塘、升坊合并为花塘公社；1970年析花塘公社置琴水镇；1977年撤镇改为琴水公社；1982年从琴水公社划出城区的西边、西门、北门、南门四个大队，恢复琴水镇；1983年经省人民政府批准更名为琴亭镇；2001年12月原花塘乡、琴水乡与琴亭镇合并，成立现在的琴亭镇。