夏、商时属扬州西域，周时属吴、越、楚地。
秦始皇帝二十六年（前221）设庐陵县，隶属九江郡。
西汉高帝五年（前202），属豫章郡。
东汉建安四年（199），为高昌县地域，隶属庐陵郡，南朝梁天监元年（502）为石阳县地。
隋开皇十年（590），改庐陵郡为吉州，新建州城于今市区赵公塘一带，境内属庐陵县，为吉州首府。
唐永淳元年（682），废赵公塘旧城，新建州城于今市区北门街道辖区内，并将庐陵县治从石阳古城迁入。
天宝元年（742），改吉州为庐陵郡。
乾元元年（758），复改庐陵为吉州。
北宋开宝八年（975）属吉州庐陵郡兼军事。
元至元十四年（1277）属吉州路总管府，皇庆元年（1312）属吉安路，至正二十二年（1362）属吉安府。
1914年，庐陵县改名为吉安县，属庐陵道；1928年5月，成立吉安市政府，直属江西省；10月，改设吉安市政局；1929年3月，撤销市政局，恢复吉安县；1932年，属第九行政区；1934年，属第三行政区。
1949年6月30日，成立吉安分区，7月28日，析吉安县石阳镇及近郊，成立吉安市，辖城东、城南、城西、城北4个区，下设39个街公所、450个居民闾，隶属吉安分区。
1958年11月，吉安市和吉安县合并设吉安市。
1959年6月，吉安市、吉安县分设，原吉安县所辖人民公社复归吉安县。
2000年5月11日，撤销县级吉安市，设县级吉州区，沿用至今。