始见于宋五言诗《九日石庄阻雨》。
明永乐初石庄坍没江中，后北移20多里重建于现址。
明、清时，曾名竹岭镇。
清宣统二年（1910），为石庄乡，有”石庄行“之称。
1914年，升为市。
1928年，改为区。
1954年初，为石庄镇。
1958年10月，改为石庄人民公社。
1963年，复为石庄镇。
1995年3月，张黄港乡并入。
2000年4月，石北乡并入。
2013年，经苏政复〔2013〕37号文件批准，设立新的石庄镇沿用至今。