北宋太平兴国年间（976～984），为吕四盐场；元、明、清均为著名盐产地；明嘉靖三十六年（1557），为防倭寇，朝廷拨款筑鹤城；1940年，新四军东进，建立苏中四分区，吕四地区一度称通东行署；1949年起，划属启东县，为县属镇；1958年，成立吕四人民公社；1961年，析出，成立吕四镇人民公社；1983年，复为吕四镇、吕四乡；1987年，吕四乡并入吕四镇；1996年，通政发〔1996〕141号，大洋港镇并入；同时，吕四镇更名为吕四港镇；2000年，启政发〔2000〕46号，秦潭港、茅家港镇并入；2008年9月，苏政复〔2008〕49号，天汾镇、兆民镇并入，设立新的吕四港镇，同时将原志良镇的吕复、培根、大仙桥、车路四个村划入，沿用至今。