宋始属来春乡，清属夏港镇，民国时为夏五乡第7、8、9保。
建国初为三元乡第3、4、5行政村，1956年为夏港乡第19、20、22高级社，1958年为夏港公社三元大队，1968年更名为向阳大队，1980年复称为三元大队。
1984年为夏港乡三元村村民委员会，1988年为夏港镇三元村村民委员会。
2008年为夏港街道三元村村民委员会。
2013年区划调整为临港街道三元村村民委员会，2017年10月，临港街道撤销，恢复为夏港街道三元村村民委员会。