秦废金陵邑，于此置秣陵县，因此得名。
汉初为秣陵县；西汉元朔元年（前128）改秣陵侯国，后复为县；王莽新朝改称宣亭县；东汉复旧名。
孙吴称建业县。
西晋复称秣陵县。
隋开皇九年（589）废入江宁县。
辖境宋代属驯翚乡、随车乡、万善乡、开元乡、朱门北乡。
北宋景德二年（1005）始置秣陵镇，设有秣陵驿、秣陵铺。
元代设秣陵巡检司。
明代置税关，称秣陵关。
清代秣陵镇号为江宁县三大镇之一。
民国初称秣陵市。
1928年名秣陵镇。
1949年4月沿之。
1958年秣陵镇改秣陵人民公社。
1982年改设秣陵乡。
1989年1月撤秣陵乡改设秣陵镇。
2004年8月撤秣陵镇改设秣陵街道至今。