明朝以前，多属泽国，地属南洞庭湖。
明洪武年间（1368年—1398年），属常德府沅江县。
明嘉靖年间（1522年—1566年），属沅江县长乐乡七都。
清嘉庆七年（1802年），属沅江县赛保。
民国时期，属沅江县第六区新成乡和永固乡。
中华人民共和国成立初期，属沅江县第三、四区。
1954年11月，划归湘阴县为第十八区。
1955年6月，以驻地南湖洲更名为南湖区。
1958年9月，为卫星人民公社。
1961年9月，复名南湖区。
1995年12月，撤区并乡成立南湖洲镇。
2005年1月，撤销管区，实行镇村直管。