万店村村民委员会所在地，清代隶属枝江县第八都，1913年属东区；1930年属第三区署；1940年6月22日属沦陷区伪宜昌县中央治安维持会分会；1941年3月属伪宜昌县政府第六区署；1942年属乡政府暗组江口区署；1946年属共安乡，驻地问安寺；1949年6月属江口区署；1949年7月属问安区；1955年属宜都县问安区。
万店村前身是1956年成立的幸福高级农业社、联合高级农业社，属宜都县新场指导组民主乡；1958年10月更名为幸福生产队、联合生产队，属宜都县问安公社民主管理区；1961年5月幸福生产队改为幸福大队，联合生产队拆分为联合大队、联心大队，属问安区民主公社；1962年10月复置枝江县，属枝江县问安区民主公社；1975年2月撤区并社，属问安公社民主管理区；1981年4月幸福大队、联心大队分别更名为万店大队、灵官庙大队，属问安公社民主管理区；1984年1月分别改为万店村、灵官庙村，属问安区万店乡；1987年10月属江口镇；2001年3月撤销江口镇，属问安镇；2002年10月万店村与灵官庙村合并为万店村，属问安镇至今。