明、清、民国属孝感县；1949年5月孝感解放，属孝感县三汊埠区管辖，1951年由三汊埠区分离成立祝家湾镇，1952年为孝感县第十八区，1953年改称祝站区，1958年成立祝站人民公社，下辖9个管理区96个大队。
1961年5月撤销祝站人民公社，恢复祝站区。
1966年9月孝感县改名东风县，祝站区改名为向阳区，不久仍称祝站区。
1975年撤区并社时设立祝站人民公社。
1983年12月孝感县改县建市，祝站区属孝感市，下辖9个管理区改为乡。
1987年9月撤区建乡，祝站区一分为三：将原下辖三汊、埠镇、诸赵、草店、涂店5乡分出划归三汊镇；将闵集、下新2乡分出划到闵集乡；祝站镇保留祝站、李畈、姜窑、土门4乡成立祝站镇。
1993年孝感地区撤地（孝感地区）建市（孝感市），原县级孝感市分为孝南区和孝昌县，祝站镇隶属孝感市孝南区；2018年3月20日，祝站镇37个村、1个社区调整合并为14个村、2个社区，2019年9月3日，祝站、长河2个社区改置为村，沿用至今。