宋仁宗至清前期土司制度时期设卯洞安抚司、百户司。
清朝雍正十三年(1735年)改土归流时,废卯洞司设仁育里,废百户司设勇敬里。
1914年始设区乡,百福司为四区;1933年编组保甲,百福司仍属四区,区公所设在百福司,辖5乡、1镇、50保;1936年属新三区;1941年,撤销区署,仍保留百户司区署。
百户司镇辖智乐、仁育、勇敬3乡。
1943年,仁育改为安抚乡,勇敬改为卯洞乡。
1946年,重新划分各区乡镇之区划,整编保甲,设卯洞乡,乡公所设在百福司;设安抚司乡,乡公所设在安抚司街上。
1947年,百户司区署撤销,实行保甲制度直到解放。
1949年11月来凤解放时仍沿袭旧制,1949年12月,建立来凤县人民政府,改保甲制为村组建制,设卯洞区。
1958年人民公社化时期,卯洞区和漫水区合并为卯洞公社。
1984年6月2日,设区建乡,卯洞公社又划分成百福司镇和漫水区,至此百福司镇成立至今未变更。
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