此地名自明朝嘉靖年间，即因御史黄襄《过石门》诗而得名。
1950年废除保甲制，属高坪区管辖，命名为石门村；1958年人民公社化时，属高龙公社管辖，更名为荷花大队；1961年恢复区建制，属高坪区管辖，仍名为荷花大队；1975年撤区并社，属高坪公社管辖，仍名为荷花大队；1984年撤社建区乡，属高坪区管辖，将荷花大队更名为石门村；1996年撤区建乡，属高坪乡管辖，仍名为石门村；1997年调整建制，属高坪镇管辖，名为石门村村民委员会至今。