早在3000年前的西周时代，六指就有黄陂东乡唯一的重要水运码头——掩城港，经汉口、新洲阳逻等地联通全国，是长江流域人类文明的发源地之一。
六指解放前属于古堤乡管辖，解放初属武湖区。
1952年武湖区改名为黄陂第九区，1956年将九、十两区合并为六指店区，1958年成立上游人民公社，1960年恢复区县建制，仍保留六指店区，1969年撤区并社，由虎豹、桂林、六指、新集、民建5个小公社合并为六指店人民公社，后更名为六指店镇。
1984年改为六指店区，1986年改为六指店镇，2001年与甘棠街道合并改为六指街道至今。