明清，属城东镇。
1912年，属凤山镇。
1949年，建立石门乡，属三屯区。
1956年，改为石门高级社，属三屯乡。
1960年，为龙王大队。
1962年，建立石门大队，属三屯公社。
1963年，又合并为新建大队，属三屯公社。
1965年，再次分为石门大队，属三屯公社。
因与柏树公社石门大队重名，1982年2月经县政府批准石门大队更名为耿沟大队，属三屯公社。
1984年，改为耿沟村民委员会，属三屯乡。
2011年，属三屯镇。